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El Shotokan nace a manos de Gichin Funakoshi, a quien muchos consideran el padre del Karate Do. Sensei Funakoshi unió el estilo de Itozu y Azato, sus dos maestros quienes eran estudiantes de Sokon Matsumura, el estilo de Azato era Shorei, este le enseñó las raíz más apegada a lo chino, por parte de Itozu aprendió el estilo Shorin, que en aquel tiempo ya poseía matices de Okinawa.
La diferencia entre el karate de Sensei Funakoshi y el de los muchos otros alumnos era el equilibrio entre el cuerpo y la mente.
Para el año de 1891 la prohibición de las artes marciales en Okinawa era obsoleta y fue retirada, por lo que Sensei Funakoshi comenzó a dar clases al público, a principios del siglo XX las visitas del comisionado escolar Shintaro Ogawa y el Capitán Naval Rokuro Yashiro ayudaron a dar a conocer en Japón el karate de Funakoshi, tras la visita del príncipe Hiroito a Okinawa y con un poco de ayuda del fundador del Judo Jigoro Kano, con quien creo Kime-No Kata, después de esto, los años dorados vendrían y con ellos la fundación de la escuela Shoto.
El nacimiento de Yoshitaka Funakoshi fue fundamental en la historia del Shotokan, ya que este incorporó el Kumite (combate). Mientras que su padre había colocado un mayor énfasis sobre la Kata, Yoshitaka desarrolló el combate libre. Primeramente diseño Gohon Kumite (combate a cinco pasos), donde el atacante realiza cinco ataques seguidos avanzando y quien defiende los bloqueos retrocediendo, aplicando un contraataque en la última defensa. En 1933 estructura también el Kihon Ippon Kumite (combate a una técnica), al año siguiente el Jiu Ippon Kumite, igual que el anterior pero con movimiento, culminando con el Jiu Kumite, el combate libre, establecido en 1935.
Yoshitaka también incorporó nuevas técnicas de pierna, como es el caso de: Mawashi Geri, Yoko Geri Kekomi, Yoko Geri Keage, Fumikomi, Ura Mawashi Geri y Ushiro Geri. En 1935 se decidió que se necesitaba un dojo central (Hombu Dojo) por lo que se creó un comité nacional de practicantes de karate para construir el mayor dojo de karate del mundo, el 29 de Enero de 1936 Sensei Gichin Funakoshi inauguró el dojo que en la entrada tenía un letrero que decía Shotokan (la casa del Shoto).
Shoto era el seudónimo que utilizaba el Maestro cuando joven y significaba “Olas de Pinos”, ya que cuando joven, cerca de Shuri, su pueblo natal, observaba en el monte Tarao (Cola de Tigre) como el viento hacía que se movieran las copas de los árboles, lo que se asemejaba a las olas del mar. Por otro lado, el Tigre (además de su relación con el monte Tarao) emblema oficial de Shotokan, se basa en un diseño chino clásico que significa “El tigre nunca duerme”. Simboliza el estado de alerta de tigre listo para la acción y la serenidad pacífica de la mente.
Después de la II Guerra Mundial y tras la reconstrucción del Hombu Dojo varios de los alumnos de Sensei Funakoshi regresaron para formar la Nipón Karate Kyokai (NKK, Japan Karate Association) que se dedicó a unificar los dojos y las universidades con el consentimiento de Funakoshi. En 1956 es formada por algunos alumnos tradicionalistas de Funakoshi la asociación Shotokai (camino al Shoto). El 26 de Abril de 1957 muere Sensei Gichin Funakoshi.